ارزیابی مفهوم مرجعیت علمی در حوزه علوم انسانی و اجتماعی نشان می‌دهد این مفهوم صرفاً به تولید دانش محدود نیست، بلکه ناظر بر جایگاه «مرجعیت استنادی و مراجعه علمی» در سطح ملی و جهانی است و تحقق آن نیازمند هم‌افزایی عوامل فردی، نهادی و ساختاری می‌باشد. تحلیل چالش‌ها بیانگر آن است که نبود تعریف مفهومی و عملیاتی روشن از مرجعیت علمی، یکی از موانع بنیادین در سیاست‌گذاری این حوزه است و موجب سردرگمی در تعیین شاخص‌ها و مسیرهای دستیابی می‌شود. افزون بر این، تمرکزگرایی و استانداردسازی نظام آموزش عالی، غلبه رویکرد کمیت‌گرا در ارزیابی پژوهش، ضعف روش‌شناختی پژوهشگران، محدودیت تعاملات بین‌المللی و کاهش ظرفیت حضور در شبکه‌های علمی جهانی، از عوامل تضعیف‌کننده مرجعیت علمی در علوم انسانی و اجتماعی به شمار می‌آید. در سطح نهادی، ناکافی بودن نظام حمایت و انگیزش اعضای هیأت علمی، نبود فضای گفت‌وگوی آزاد علمی و ضعف فرهنگ نقدپذیری نیز مانع تولید و بازتولید دانش اثرگذار می‌شود. راهبردهای پیشنهادی بر تمرکززدایی و تفویض اختیار به دانشگاه‌ها، نخبه‌گزینی در جذب اعضای هیأت علمی، تقویت فرهنگ نقد علمی، توانمندسازی برای ارتباطات و همکاری‌های بین‌المللی، توسعه پیوندهای ساختاری میان دانشگاه با دولت، صنعت و حوزه‌های علمیه، بازتعریف شاخص‌های مرجعیت متناسب با علوم انسانی و اجتماعی و نیز اصلاح سازوکار پذیرش دانشجوی دکتری تأکید دارد.