کیفیت پژوهش‌های برنامه‌درسی در ایران به‌طور معناداری تحت تأثیر کاستی‌های روش‌شناختی قرار دارد و این مسئله در مقالات تخصصی، طرح‌های پژوهشی آموزش‌وپرورش و به‌ویژه رساله‌های دکتری نمود آشکار دارد. مهم‌ترین چالش‌ها شامل انتخاب روش‌های نامرتبط با مسئله، فقدان تسلط کافی پژوهشگران بر مبانی روش‌شناسی، خلط میان «روش تحقیق» و «روش‌شناسی تحقیق»، به‌کارگیری روش‌ها بر پایه عادت یا رونویسی، و نبود تنوع روش‌شناختی است. در حوزه کیفی، غلبه چند روش محدود مانند تحلیل محتوا، سنتزپژوهی و نظریه زمینه‌ای، و در حوزه کمی، سلطه رویکردهای پیمایشی و نظرسنجی موجب تکرار، کلیشه‌ای شدن و کاهش خلاقیت پژوهشی شده است. همچنین تکرار مسئله‌ها و چارچوب‌های ثابت، ضعف روایت‌های شخصی و دغدغه‌های اجتماعی پژوهشگران، و فقدان سیاست‌گذاری منسجم از سوی گروه‌های آموزشی، انجمن‌ها و مجلات تخصصی، بحران روش‌شناسی را تشدید می‌کند. راهبردهای پیشنهادی بر تقویت تکثر روش‌شناختی، توسعه رویکردهایی مانند قوم‌نگاری، روایت‌نگاری و مطالعه موردی، توجه به مبانی معرفت‌شناسی و پیوند مسئله‌، روش‌شناسی و زیست‌جهان پژوهشگر، تقویت پژوهش نظری و تحلیل گفتمان، و بازنگری در آموزش روش‌ها از طریق کارگاه‌ها و اصلاح سرفصل‌های دانشگاهی تأکید دارد.