پژوهش در علوم انسانی و اجتماعی به دلیل پیچیدگی پدیده‌های انسانی، دشواری‌های روش‌شناختی و درهم‌تنیدگی ارزش‌ها با فرایند شناخت، از حیث تولید دانش و کاربردگذاری اجتماعی با ویژگی‌های متمایز مواجه است. با وجود رشد سریع شاخص‌های کمی پژوهش در ایران (افزایش پایان‌نامه‌ها، مقالات و طرح‌های تحقیقاتی)، کیفیت و اثرگذاری این پژوهش‌ها با مجموعه‌ای از مسائل ساختاری روبه‌روست. از مهم‌ترین چالش‌ها می‌توان به سطحی بودن نگرش سیاست‌گذاران به مرجعیت علوم انسانی، فقدان انسجام در سیاست‌گذاری پژوهشی، سهم پایین و تخصیص ناکارآمد بودجه، ارتباط ضعیف دانشگاه با دولت، جامعه و بازار، مشارکت محدود بخش خصوصی، ابهام در تعیین ذی‌نفعان پژوهش‌ها به‌ویژه در رساله‌ها و پایان‌نامه‌ها، سلطه بوروکراسی بر فضای علمی، غلبه معیارهای کمّی و اجبارآمیز در ارزیابی که به شبه‌علم و فساد علمی دامن می‌زند، و آمیختگی افراطی علوم انسانی با گرایش‌های سیاسی و ایدئولوژیک اشاره کرد. همچنین گرایش غالب پژوهشگران به مسائل کلی و انتزاعی و بی‌توجهی به مسائل خرد و محلی، کارکرد حل مسئله را تضعیف کرده است. راهبردهای اصلاحی شامل بازنگری در معیارهای اولویت‌گذاری پژوهش، افزایش و بهینه‌سازی بودجه، مقررات‌زدایی هدفمند برای تقویت استقلال دانشگاه، اصلاح سازوکار مشارکت بخش خصوصی، ایجاد تعادل میان پژوهش‌های بنیادی، کاربردی و انتقادی، حمایت از پژوهش‌های میان‌رشته‌ای و جمعی، الزام به تعیین ذی‌نفعان، و اصلاح نظام آموزشی و ارزیابی برای تقویت کیفیت و مسئله‌محوری پژوهش است.