بحران آب زاینده‌رود نتیجه برهم‌کنش کمبود فیزیکی آب، خشکسالی‌های پی‌درپی و توسعه ناپایدار در حوضه آبریز است و طی چند دهه با بارگذاری مصارف متعدد در برابر منابع محدود، به ناترازی عمیق منابع–مصارف انجامیده است. رشد جمعیت، توسعه صنایع بزرگ در کنار رودخانه، گسترش کشاورزی و انتقال بین‌حوضه‌ای آب، به‌ویژه اتصال یزد به سامانه زاینده‌رود، شبکه‌ای از تعارض منافع و تنش‌های اجتماعی و اقتصادی ایجاد کرده و رودخانه را در بخش‌های طولانی از مسیر به وضعیت ناپایدار و فصلی سوق داده است. هم‌زمان، افت شدید منابع آب زیرزمینی، کاهش بازگشت آب به رودخانه و افزایش برداشت‌ها، امکان جریان پایدار حتی در شرایط نرمال بارندگی را محدود کرده و پیامدهایی مانند نابودی کشاورزی شرق اصفهان، فرونشست زمین، افت کیفیت آب شرب، تهدید تالاب گاوخونی و افزایش گردوغبار، آسیب به گردشگری و تضعیف سلامت روان اجتماعی را تشدید کرده است. راهبردهای پیشنهادی بر تغییر رویکرد از مدیریت عرضه‌محور به مدیریت تقاضا، توقف ساختارهای موازی و تمرکز بر ظرفیت‌سازی محلی، شفاف‌سازی داده‌ها و افزایش آگاهی عمومی، مدیریت توأمان آب‌های سطحی و زیرزمینی، استقرار ابزارهای اقتصاد رفتاری برای اصلاح الگوی مصرف، و قیمت‌گذاری آب بر مبنای ارزش اقتصادی و غیر بازاری آن تأکید دارد. در افق بلندمدت، بازطراحی الگوی تخصیص، اصلاح الگوی کشت و احیای حقابه محیط‌زیستی تالاب، همراه با ایجاد نهاد تخصصی اقتصاد آب در وزارت نیرو، برای کاهش تنش و بازگرداندن پایداری اکولوژیک ضروری است.