نظام خط‌مشی‌گذاری عمومی در ایران با مشکلات ساختاری و عملکردی مواجه است که نتیجه آن، کاهش اثربخشی سیاست‌ها و تداوم ناکارآمدی در حل مسائل عمومی است. مهم‌ترین چالش‌ها شامل نبود هماهنگی و تعامل مؤثر میان خط‌مشی‌گذاران و مجریان، تناقض و عدم انسجام خط‌مشی‌ها، فقدان جامعیت در توجه به سطوح ملی و منطقه‌ای، تعدد مراکز تصمیم‌گیری و نبود متولی مشخص، و ضعف تعریف فنی از مفاهیم و فرآیند خط‌مشی‌گذاری است. علاوه بر این، مسأله‌محور نبودن تدوین سیاست‌ها، فقدان مطالعات و دانش فنی لازم برای تبدیل سیاست‌های کلان به برنامه‌های اجرایی خرد، و نبود سیستم مدیریت مسائل عمومی موجب شده سیاست‌گذاری اغلب فاقد چارچوب نظری معتبر و دستورالعمل‌های صریح باشد. تحلیل نظری گزارش با بهره‌گیری از رویکردهایی مانند «جریانات چندگانه»، «رویکرد شبکه‌ای» و «مدل فرآیندی» نشان می‌دهد خط‌مشی‌گذاری در ایران به‌واسطه نقش تعیین‌کننده افراد کلیدی، اثرگذاری نهادهای غیررسمی و ضعف مشارکت شهروندان، از مسیر عقلانیت فنی فاصله گرفته است. راهبردهای پیشنهادی بر تقویت خط‌مشی‌گذاری تعاملی و پایین‌به‌بالا، ایجاد سازوکار رسمی مشارکت مردم پیش از تصویب قوانین، استفاده سازمان‌یافته از ظرفیت دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی در تدوین خط‌مشی، انتخاب ابزارهای مناسب اجرا متناسب با شرایط اجتماعی و گروه‌های هدف (مشوق‌ها و ظرفیت‌سازی)، و تعریف شاخص‌های شفاف برای ارزیابی، پایداری و انسجام سیاست‌ها تأکید دارد.