نظام رسیدگی به تخلفات دانشجویی به‌عنوان یکی از سازوکارهای تضمین نظم دانشگاهی، در صورتی کارکرد مطلوب خواهد داشت که هم‌زمان حقوق دانشجو و شأن تربیتی دانشگاه را پاس بدارد و از تبدیل‌شدن به ابزار حذف یا بی‌اعتمادی جلوگیری کند. بررسی سازوکارهای انضباطی نشان می‌دهد حرکت از رویکرد تنبیهی به رویکرد مدیریتی و ترمیمی، مستلزم استقرار اصول دادرسی منصفانه در فرایند رسیدگی است؛ از جمله حق دفاع حضوری، حق تجدیدنظرخواهی، حق آگاهی از پرونده و جلوگیری از تحدید حقوق دانشجویان خارج از مسیرهای قانونی. با این حال، ابهام در مفاهیم تخلفات، تورم قوانین، عدم تناسب میان تخلف و تنبیه و امکان مداخلات سلیقه‌ای، از عوامل اصلی تضعیف اعتماد دانشجویان و افزایش شکاف میان بدنه دانشجویی و مدیریت دانشگاه ارزیابی می‌شود. راهبردهای پیشنهادی شامل آموزش دوره‌ای دبیران شوراهای انضباطی و معاونان دانشجویی، آموزش دانشجویان جدیدالورود درباره مقررات انضباطی، شفاف‌سازی مصادیق تخلفات برای پیشگیری از برخوردهای جناحی، و تشکیل شوراهای حل اختلاف و ارشاد دانشجویی برای حل‌وفصل مسالمت‌آمیز تعارض‌هاست. همچنین بازنگری برخی مواد دستورالعمل اجرایی برای جلوگیری از تضییع حقوق شاکی و متهم، اصلاح مقررات مربوط به احضار، مختومه‌کردن پرونده‌ها، تجدیدنظرخواهی، و تعیین مدت آثار تنبیهات، به‌عنوان الزامات ارتقای عدالت و کارآمدی نظام انضباطی دانشگاه معرفی می‌شود.