مهجوریت قرآن در نظام آموزشی عالی کشور به‌عنوان مسئله‌ای نهادی و فرهنگی، ناشی از ضعف اقبال سازمان‌یافته به قرآن در مدیریت آموزشی و پژوهشی دانشگاه‌ها و نیز محدود شدن مواجهه با قرآن به الگوهای رسمی و غیرمسئله‌محور است. این مسئله در شرایطی برجسته می‌شود که جامعه نخبگانی کشور با نیاز روزافزون به حضور پررنگ‌تر قرآن در تولید فکر، الگوهای پیشرفت و پاسخ‌گویی به مسائل اجتماعی مواجه است. بازتعریف جایگاه قرآن در نظام تولید علم، مستلزم آسیب‌شناسی دقیق ساختارهای موجود و حرکت از «آموزش صرفاً تخصصی» به سمت «فهم و تدبر همگانی» و تولید دانش قابل استفاده برای اقشار مختلف جامعه است. راهبردهای پیشنهادی شامل توانمندسازی دانش‌پژوهان برای تولید فکر قرآنی و کرسی‌نشینی آن در تولید علم ملی، بازسازی نظام انتظارات از دین و قرآن به‌عنوان منبع مدل‌سازی اجتماعی، روزآمدسازی نظام تولید علوم قرآنی و بازنگری در رشته‌های علوم قرآن، و توسعه مطالعات میان‌رشته‌ای برای پیوند دادن قرآن با حوزه‌هایی مانند ادبیات، هنر، باستان‌شناسی و زبان‌های خارجی است. همچنین ضرورت دارد قرآن در هر نسل با زبان و بیان متناسب با اقتضائات همان عصر بازخوانی شود تا امکان انتقال مفاهیم به نسل جدید و کاهش فاصله فرهنگی با متن قرآن فراهم گردد.