معافیت مالیات بر ارزش افزوده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با هدف حمایت از تولید، اشتغال و صادرات طراحی شده است، اما شواهد نشان می‌دهد این سیاست به اهداف خود اصابت نکرده و در عمل به گسترش فعالیت‌های غیرمولد، واسطه‌گری و فرار مالیاتی انجامیده است. ضعف نظارت و نبود برنامه توسعه مدون موجب شکل‌گیری شرکت‌های صوری، فعالیت پنهان در سرزمین اصلی، دورزدن قوانین، و حتی احتمال پولشویی شده و مناطق آزاد را به جای «سکوی صادرات» به «قطب واردات» بدل کرده است؛ به‌گونه‌ای که طبق آمار رسمی، واردات این مناطق در سال‌های ۱۳۹۶ و ۱۳۹۷ چندین برابر صادرات بوده و بخش عمده واردات نیز کالاهای مصرفی بوده است. از منظر نظری، مالیات بر ارزش افزوده ماهیتاً مالیات بر مصرف است و حذف معافیت آن لزوماً به تولید و صادرات آسیب نمی‌زند؛ زیرا صادرات در کل کشور مشمول نرخ صفر است و مالیات ماشین‌آلات تولیدی نیز قابلیت استرداد یا تهاتر دارد. با این حال، اجرای ناقص نظام ثبت‌نام و صدور فاکتور باعث می‌شود مالیات عملاً به فعالان خرد و تولیدکنندگان اصابت کند. راهبردهای اصلاحی شامل محدودسازی، مشروط‌سازی و هدفمندکردن معافیت‌ها، شفاف‌سازی فهرست و معیار معافیت‌های مالیاتی، اصلاح سازوکار اجرای مالیات بر ارزش افزوده برای اصابت آن به مصرف‌کننده نهایی، و بازنگری علمی در منطق ایجاد و توسعه مناطق آزاد و ویژه است.